In de oppositie (1559–1566)  Filips II benoemde in 1559 zijn halfzuster Margaretha van Parma tot landvoogdes voor de Nederlanden. De feitelijke machthebber was echter een vertrouweling van Filips, Antoine Perrenot de Granvelle als adviseur van Margaretha, die in 1561 bovendien kardinaal en aartsbisschop van Mechelen werd.   Er was ook een Geheime Raad waarin vertrouwelingen van Filips waren opgenomen. Filips voerde strenge plakkaten voor de vervolging van de protestanten in. Op het punt van het rijksbestuur streefde hij naar een krachtig centraal gezag, ten koste van lokale privileges, waaronder bijvoorbeeld de eigen belastingpolitiek van de Staten-Generaal. Vooral de invoering van de Tiende Penning riep heel wat spanning en weerstand onder de burgers op. De politiek inzake de religie en het landsbestuur gaf ook spanning met de adel in de Nederlanden. Onder de hoge adel kwamen onder anderen Filips van Montmorency, graaf van Horne, Lamoraal, graaf van Egmont, en Willem van Oranje in verzet. Op 23 juli 1561 stuurden Lamoraal en Willem van Oranje een brief naar Filips II, omdat ze zich als leden van de Raad van State gepasseerd voelden door het voortdurend eigenmachtige optreden van Granvelle en als leden van de Raad hun ontslag indienden. Filips van Montmorency, graaf van Horne, bracht in november een antwoord terug, waarin stond dat Filips II met Margaretha van Parma verbeteringen zou doornemen.   Op 11 maart 1563 stuurden prins Willem, Horne en Egmont een scherpe en waarschuwende brief aan koning Filips II. Het resultaat van dergelijke brieven was echter averechts. Het deed Filips II zich nog meer vastbijten in zijn voorgestane intimidatiepolitiek.   De achterdocht van Filips II tegen prins Willem werd bovendien gevoed door Willems huwelijk, na het overlijden van Anna van Egmont in 1558, met Anna van Saksen, een nichtje van August, de lutherse keurvorst van Saksen, op 25 augustus 1561 in Leipzig. Anna van Saksen was de dochter van de overleden Maurits van Saksen en kleindochter van landgraaf Filips I van Hessen, die overigens tegen het huwelijk was. Uit het oogpunt van familiebelangen was dit huwelijk nauwkeurig overwogen. Door dit huwelijk kreeg prins Willem belangrijke relaties onder de Duitse vorsten.   De Geheime Raad kreeg steeds meer invloed op de feitelijke gang van zaken. De Raad van State werd als regeringscollege amper serieus genomen. De prins protesteerde door van juni 1563 tot augustus 1564 uit de vergaderingen van de Geheime Raad weg te blijven. Het vertrek van Granvelle in maart 1564 bracht tijdelijk opluchting, maar het maakte ook duidelijk dat de echte bron van Oranjes frustratie Filips II was. Najaar van 1564 wendde de Raad van State zich opnieuw tot Filips over de gevolgen van de gevoerde politiek. In de besluitvorming over de brief aan de koning sprak prins Willem op 31 december 1564 een rede uit, de zogenaamde 'Oudejaarsrede'. De rede behoort tot de hoogtepunten in de Nederlandse geschiedenis, maar slechts delen zijn bewaard gebleven. In deze urenlange rede voerde hij openlijk en duidelijk een pleidooi voor gewetensvrijheid van de onderdanen. Lange tijd is hieruit door latere geschiedschrijvers de volgende zin geciteerd: Ik kan niet goedkeuren dat vorsten over het geweten van hun onderdanen willen heersen en hun de vrijheid van geloof en godsdienst ontnemen. Dit is echter onvolledig, want bijvoorbeeld Viglius noteerde dat hij had gezegd: En hoewel hij [Willem van Oranje] zelf besloot te hechten aan de katholieke godsdienst, kon het hem echter niet behagen, dat vorsten willen heersen over het geweten van mensen en hun de vrijheid van geloof en godsdienst ontnemen. Dat Willem hier zou hebben gezegd dat hij hechtte aan het katholieke geloof, zou ongemakkelijk kunnen zijn voor Nederlandse (protestantse) geschiedschrijvers, en het eerste zinsdeel wordt dan ook nog steeds vaak weggelaten; feit blijft dat Willem van Oranje pas eind 1573 weer protestants werd.   Op 18 januari 1565 bracht Egmont de wens van de Raad van State over aan Filips II. In de beruchte Brieven uit het bos van Segovia wees Filips het verzoek van de Raad van State radicaal af. De plakkaten werden zelfs verscherpt, mede naar aanleiding van de besluiten van het Concilie van Trente dat de protestanten vervloekte in 126 'anathema's'. Jezuïeten, onder leiding van hun tweede generaal-overste Diego Laínez, hadden veel invloed op de uitkomst van het concilie.   Bovendien moesten de belastingmaatregelen zo nodig met geweld worden ingevoerd. De centralisatie van de besluitvorming werd doorgedrukt. Het conflict tussen Filips en prins Willem was een feit. De aanloop naar de Opstand was begonnen. Op 25 december 1565 werd het Verbond der Edelen opgericht. Willem wachtte de komst van Alva echter niet af. Hij vluchtte in april 1567 met zijn gezin naar Duitsland, waarna markies Maximiliaan van Hénin-Liétard op 17 juni 1567 benoemd werd tot stadhouder van Holland, Zeeland en Utrecht en deze Willems functie als stadhouder dus overnam. Alleen Willems 12-jarige zoon Filips Willem bleef achter in Leuven, waar hij studeerde. Hij werd in 1568 afgevoerd naar Spanje, om een goede katholieke opvoeding te krijgen. Willem zou hem nooit meer terugzien. Margaretha trad af als landvoogdes uit protest tegen Alva, die haar betrekkelijk verzoeningsgezinde beleid doorkruiste. Alva werd vervolgens benoemd als haar opvolger.